La Facultad de Ciencias Agrícolas, Pecuarias y Forestales, fue creada en la presidencia de José María Achá (07-06-1861), como Escuela Normal de Agricultura y Ganadería. Posteriormente, se instala en la ciudad de Cochabamba e inicia sus actividades en la “Quinta” Francisco Viedma. En 1911, toma el rango de «Instituto de Agronomía Eliodoro Villazón», condición que duró hasta 1916. Entre los años 1916 a 1919 tomó el nombre de «Escuela Superior de Agricultura», ubicada en la localidad de Callajchullpa – Tiquipaya.

En 1931 pasó a depender de la Universidad Mayor de San Simón. A partir del año 1936 –después de la finalización de la Guerra del Chaco-, reinició sus actividades como «Facultad de Agronomía», que luego cambió -1945- su nombre a «Facultad de Ciencias Agronómicas». En 1938, la Facultad de Agronomía recibió, por Ley, las propiedades de Linde y Callajchullpa, para convertirlas en centros de experimentación agrícola.

Desde 1974 y actualidad, se ubica en Valle Hermoso. En el año 1976, tomó el nombre de Facultad de Ciencias Agrícolas y Pecuarias “Dr. Martín Cárdenas”, que tiene a su cargo la Carrera de Ingeniería Agronómica.

El año 1984, la facultad incorpora a la Escuela Técnica Superior Forestal (ETSFOR), que formaba a nivel de Técnico Superior Forestal, hasta el año 2000 que pasa a formar profesionales a nivel de Licenciatura (hoy ESFOR).

El año 2002, se crea la Carrera de Ingeniería en Agricultura Tropical y Manejo de Recursos Renovables (CATREN) ubicada en Valle del Sacta (Trópico de Cochabamba).

A finales de los ochenta -1989- se inauguran los programas de Ingeniería Fitotecnista, Ingeniería Zootecnista, Ingeniería Agrícola e Ingeniería Agroindustrial, dependientes de la Carrera de Ingeniería Agronómica, que desarrollan sus actividades bajo la modalidad matricial.